POSISI FILOGENETIK DAN HUBUNGAN KEKERABATAN ANGGREK ENDEMIK SULAWESI (Phalaenopsis venosa) BERDASARKAN SEKUEN GEN rbcl SECARA IN SILICO

Abstract

Phalaenopsis venosa merupakan spesies anggrek epifit endemik Sulawesi yang memiliki nilai konservasi dan ekonomi tinggi. Penelitian ini bertujuan melakukan analisis bioinformatika komprehensif terhadap marka gen rbcL (ribulose-1,5 bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit) pada P. venosa (aksesi MF861096. 1) bersama enam spesies pembanding menggunakan perangkat lunak MEGA12. Sekuens DNA sebanyak 7 taksa dengan panjang 310 posisi  nukleotida dianalisis melalui serangkaian metode meliputi statistik situs variabilitis, komposisi basa nitrogen, komposisi asam amino, degenerasi kodon, codon usage bias (RSCU), pemilihan model substitusi, estimasi jarak genetik, uji netralitas evolusi (Tajima’s D dan Z-Test), serta rekonstruksi pohon filogenetik menggunakan lima metode algoritma (ML, MP, NJ, UPGMA, ME) dengan Uji Boostrap 1000 replikasi. Hasil analisis menunjukkan marka rbcL memiliki 215 situs variabel (69,35%) dan 88 situs terkonservasi (28,38%), bersifat AT-Rich (A+T =64,3%), dengan dominasi leusin sebagai asam amino terbanyak (17,32%). Sebesar 57,10% situs bersifat zero-fold degenerate, mencerminkan tekanan seleksi purifikasi yang kuat. Bias penggunaan kodon nyata dengan kodon CCU (Prolin, RSCU -2,26) sebagai yang paling disukai. Model Tamura 3-parameter (T92) terpilih sebagai model terbaik (BIC = 2.335,579). Uji Tajima menghasilkan D = 0,6856, mengindikasikan evolusi netral. Kelima topologi pohon filogenetik secara konsisten menempatkan P. venosa dalam clade monofiletik Phalaenopsis dengan dukungan boostrap 94-100%, mengkonfirmasi validitas taksonomi spesies ini